2025年7月24日更新版

博0时期再来更新一下二手知识。 引用一句老板的话：一切的技能都是刻意练习的结果。

前言

1. 生物相关的学科很讲究逻辑，先把想要学习的知识的逻辑链想明白，再继续学习。

2. 最快的学习路径是：直接去做项目/复现项目，也可以看了别人咋写的，手打一遍运行，更改一下里面的一些内容或者输入然后看输出会有啥变化。

3. 书籍和教程太多，很有可能是看不完的。我个人建议把一些经典的书当作字典或工具书来看（需要什么方面的知识就去翻一翻），把各大生信教程/书全部啃完大概率会磨灭你对生信的兴趣Orz。

学习资源推荐

1. SSONE

2. 生信教学

   • https://book.ncrnalab.org/teaching/ 清华大学出品的进阶版生信全系列课程

   • 生物信息学常见文件格式 - Science and Technology Notes (gitbook.io) 偶然发现的一个特别好的生信知识点总结文档

   • 生信技术 - Cease to struggle and you cease to live (lxz9.com) Lxz个人生信技术合集网站，包括Python、Docker、R、JavaScript、生信基本方法等教程

   • 生信导论类书籍

     • 《生物信息学与功能基因组学（原著第三版）》Jonathan Pevsner，田卫东译
       • Pevsner: Bioinformatics and Functional Genomics, 3rd Edition - Instructor Companion Site (wiley.com)
     • 《生物信息学（第四版）》陈铭 浙江大学 Bioinformatics Textbook - 生物信息学规划教材 (zju.edu.cn)
     • 《生物信息学》樊龙江 [ibi.zju.edu.cn/bioinplant/courses/jianyaomulu.htm]
     • 《生物信息学（第二版）》李霞

   • 基因组学教程&书籍

     • 基因组学 – Genomics – Education (cncb.ac.cn)
     • 授课教师：章张，中国科学院大学教授，中国科学院北京基因组研究所/国家生物信息中心研究员，国家基因组科学数据中心副主任；网站中包含ppt和授课视频

   • Computational Biology: Genomes, Networks, Evolution：Machine Learningfor Genomics Fall 2020 https://www.youtube.com/@ManolisKellis1 看了醍醐灌顶的一类课程

   • Python数据结构：Data Structures and Algorithms in Python - Full Course for Beginners - YouTube

   • 单细胞基因组学：

     • 【非常通俗易懂的lecture】15 minutes about Single-Cell Genomics - YouTube
     • Workshop “Single Cell Genomics meets Data Science” - Session 1 “Technology” - part 1 - YouTube （这个系列是我搜单细胞的时候搜出来的，但我并没有看= =）

3. 机器学习入门

   • 双语字幕]吴恩达深度学习deeplearning.ai_哔哩哔哩_bilibili

   • HUNG-YI LEE（李宏毅）Machine Learning 2025

   • 机器学习练习用公共数据库

     Datasets - UCI Machine Learning Repository

     Kaggle: Your Machine Learning and Data Science Community

   • 机器学习方法与代码集合

     • scikit-learn: machine learning in Python — scikit-learn 1.3.1 documentation

4. Python学习

   • Python教程 - 廖雪峰的官方网站 (liaoxuefeng.com)
   • GitHub - jackfrued/Python-100-Days: Python - 100天从新手到大师

5. R语言学习（花两周学基础知识，如help指令、数据结构、循环等即可，其他时间实战）

   • 各路大佬的R语言学习学习笔记/R教程网站

     • Bookdown

   • R语言忍者秘笈

   • R 语言学习笔记

   • 数据科学中的 R 语言

   • R资料、教程，等 (xuekui.site)

     • 教程集合，很好用的索引

   • R语言教程 (pku.edu.cn)

6. 电子书查找

   • Datasets - Anna’s Archive (annas-archive.org)

     在这里基本能找到你需要的任何一本电子书。

7. 报错处理/debug专栏

   • 必应 (bing.com)
   • Google
   • Stack Overflow - Where Developers Learn, Share, & Build Careers
     • 注意stack overflow还有很多子网站，它们的专业方向不同，感兴趣可以自己了解一下。
   • 建议把bug和debug的过程用笔记软件（我自己是直接用ppt）记录下来。

Linux的基本使用（文件操作 简单的shell脚本）

推荐书籍（进阶版，大部分实战用不上）：《鸟哥的Linux私房菜》，网页版鳥哥私房菜 - 鳥哥的首頁 (vbird.org)

1. 菜鸟就看菜鸟教程

   Linux菜鸟教程

   • 虚拟机推荐
     • Win常用的虚拟机软件有VMWare Workstation、VisualBox；
     • Mac可以直接用系统自带的终端输指令，推荐PD虚拟机

2. 学会一些文件操作

   https://mp.weixin.qq.com/s/hEYU80fPf1eD5OWL3fO4Bg

   以及生信分析常用的文件类型：

   https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html

   生信数据文件常见格式介绍-2 · XTAO Achelous (xtaohub.com)

   https://mp.weixin.qq.com/s/rHpgHirq3r_XPuFLJAw_vQ

3. 学会使用ssh服务器相关操作（【0】简介 · Doc (pku.edu.cn)）

   • 等有自己的服务器账号再去试也来得及

4. 会写一些简单的shell脚本

   Intermediate Shell for Bioinformatics (genomicsaotearoa.github.io)

掌握一到两门编程语言

1. Python

   Python的教程很多，一般学校里也会教，也可以自己去b站搜教程。

   学代码语言只是看书是远远不够的，要自己多试验～BUG改多了自然就会了哈哈哈哈（手动狗头

2. R语言

   软件：R studio

   书籍：《R语言实战（第2版）》、《R数据科学》等等