# 查看command的用法
command --help
command -h

# 查看说明
man command

$ cat --help
# 命令的基本用法
Usage: cat [OPTION]... [FILE]...
# 命令的解释
Concatenate FILE(s) to standard output.

# 参数介绍
With no FILE, or when FILE is -, read standard input.

  -A, --show-all           equivalent to -vET
  -b, --number-nonblank    number nonempty output lines, overrides -n
  -e                       equivalent to -vE
  -E, --show-ends          display $ at end of each line
  -n, --number             number all output lines
  -s, --squeeze-blank      suppress repeated empty output lines
  -t                       equivalent to -vT
  -T, --show-tabs          display TAB characters as ^I
  -u                       (ignored)
  -v, --show-nonprinting   use ^ and M- notation, except for LFD and TAB
      --help     display this help and exit
      --version  output version information and exit
# 举例
Examples:
  cat f - g  Output f's contents, then standard input, then g's contents.
  cat        Copy standard input to standard output.

# 完整帮助文档链接
GNU coreutils online help: <https://www.gnu.org/software/coreutils/>
Full documentation at: <https://www.gnu.org/software/coreutils/cat>
or available locally via: info '(coreutils) cat invocation'

(base) bioinfo23@node02:~$ pwd
/home/bioinfo23

## ls [参数] [路径(默认为当前路近)]
## ls指令的参数
-a : 把全部的文件，包含隐藏文件（开头为.的文件）一起列出来
-l : 长数据串行出，包含文件的属性与权限等数据
-d : 仅列出目录本身，而不是列出目录内的文件数据
--full-time ：以完整时间模式（包含年、月、日、时、分）输出

$ ls -la
total 2080136
drwxr-xr-x 36 bioinfo23 bioinfo23       4096 Oct 16 03:39  .
drwxr-xr-x 55 root      root            4096 Sep 25 09:27  ..
-rw-rw-r--  1 bioinfo23 bioinfo23          0 Oct 11 05:47 '!1.txt'
-rw-rw-r--  1 bioinfo23 bioinfo23          0 Oct 11 05:47 '1!.txt'

# 对比ls -la，ls --full-time可以列出更多的时间信息
$ ls --full-time
total 2080008
-rw-rw-r--  1 bioinfo23 bioinfo23   0 2023-10-11 05:47:42.099272103 +0000 '!1.txt'
-rw-rw-r--  1 bioinfo23 bioinfo23   0 2023-10-11 05:47:42.282272090 +0000 '1!.txt'

## cd [相对路径或绝对路径]
# 进入test文件夹
$ cd test

# 返回到自己的主文件夹（仅输入cd是一样的效果）
$ cd ~

# 去到当前目录的上层目录
$ cd ..

# 前往当前目录中的media文件夹 (.表示当前目录)
$ cd ./media

# 前往当前上一级目录中的sys文件夹  (..表示上层目录，sys和media是同级的)
$ cd ../sys

# 进入自己的目录
$ cd kyzhu
$ ls
diary  exercise  hello.ipynb  hello.md  output.png  scripts  software

# 在自己的下建立Notebook文件夹
$ mkdir kyzhu/Notebook

# 在Notebook下分别建立三门课程的文件夹
$ mkdir kyzhu/Notebook/Linux
$ mkdir kyzhu/Notebook/DataStructure
$ mkdir kyzhu/Notebook/BioinfoIntro

# 查看当前目录下的文件框架
$ ls -l
total 0
drwxrwxr-x 2 bioinfo23 bioinfo23 10 Oct 16 06:56 BioinfoIntro
drwxrwxr-x 2 bioinfo23 bioinfo23 10 Oct 16 06:55 DataStructure
drwxrwxr-x 2 bioinfo23 bioinfo23 10 Oct 16 06:55 Linux

# 建立Linux第一堂课的笔记
bioinfo23@node02:~/kyzhu/Notebook/Linux$ touch Lesson1

# 检查是否建立成功
bioinfo23@node02:~/kyzhu/Notebook/Linux$ ls
Lesson1

## cp的基本用法
# Copy SOURCE to DEST, or multiple SOURCE(s) to DIRECTORY.
用法: cp [OPTION] SOURCE(源文件或文件夹) DEST(目标文件)/DIRECTORY(目标文件夹)

## 常用参数
-r: copy directories recursively 复制目录时需要添加

## 举例
cp /bin/?sh . #复制/bin目录下的多个文件到当前目录
cp -r /etc/skel . #复制/etc/skel目录下的所有内容到当前目录

# 复制Lesson1为Lesson1_1
$ cp Notebook/Linux/Lesson1 Notebook/Linux/Lesson1_1
$ ls Notebook/Linux
Lesson1  Lesson1_1  Lesson2

## rm的基本用法（很危险的命令，慎用！）
# Remove (unlink) the FILE(s).
用法: rm [OPTION] [FILE]

## 常用参数
-r: remove directories and their contents recursively 删除文件夹和其中的内容，向下递归，不管有多少级目录，一并删除（rm默认是只移除文件，需要加这个参数才能对文件夹进行操作）
-d: remove empty directories 删除空目录
-f: ignore nonexistent files and arguments, never prompt 强行删除，没有任何提示

## 举例
rm -r usr/ #删除usr目录及其内容，root用户有删除提示
rm -rf usr/ #强制删除usr目录及其内容，无删除提示
rm -d usr/ #删除usr目录，usr是一个空目录

# 删除Lesson1
$ rm Notebook/Linux/Lesson1
$ ls Notebook/Linux
Lesson1_1  Lesson2

## mv的基本用法
# Rename SOURCE to DEST, or move SOURCE(s) to DIRECTORY.
用法: mv [OPTION] SOURCE DEST/DIRECTORY

## 举例
mv FAQ bash-FAQ #将FAQ改名为bash-FAQ
mv [yz]* usr/ #将y或z开头的文件移动到usr目录下

# 把Lesson2移动到DataStructure文件夹中
$ mv kyzhu/Notebook/Linux/Lesson2 kyzhu/Notebook/DataStructure/
$ ls kyzhu/Notebook/DataStructure/
Lesson2
$ ls kyzhu/Notebook/Linux/
Lesson1_1

## which的基本用法
# which根据“PATH”这个环境变量所规范的路径，去搜寻“可执行文件”的文件名”，返回的是可执行文件或链接的路径名
# which 默认是找 PATH 内所规范的目录，一些bash内置的指令是找不到的
用法: which [filename](完整的文件名)

## 常用参数
-a: 打印每个参数的所有匹配路径名

## 举例
$ which which
/usr/bin/which
$ which -a which
/usr/bin/which
/bin/which

## whereis的基本用法
# 由一些特定的目录中寻找文件文件名，输出文件所在的路径
用法: which [filename](完整的文件名)

## 常用参数
-l: 可以列出 whereis 会去查询的几个主要目录而已
-b: 只找 binary 格式的文件
-m: 只找在说明文档 manual 路径下的文件
-s: 只找 source 来源文件
-u: 搜寻不在上述三个项目当中的其他特殊文件

## 举例
$ whereis passwd
passwd: /usr/bin/passwd /etc/passwd /usr/share/man/man1/passwd.1.gz /usr/share/man/man1/passwd.1ssl.gz /usr/share/man/man5/passwd.5.gz
$ whereis -m passwd
passwd: /usr/share/man/man1/passwd.1.gz /usr/share/man/man1/passwd.1ssl.gz /usr/share/man/man5/passwd.5.gz

## find的基本用法
# 输出文件所在的路径
用法: find [PATH] [option] [action]

## 常用参数
1. 与时间有关的参数
-mtime n: n 为数字，意义为在 n 天之前的“一天之内”被更动过内容的文件；
-mtime +n: 列出在 n 天之前(不含 n 天本身)被更动过内容的文件文件名；
-mtime -n: 列出在 n 天之内(含 n 天本身)被更动过内容的文件文件名;
-newer file: file 为一个存在的文件，列出比 file 还要新的文件文件名。

2. 与使用者或群组名称有关的参数
-uid n: n 为数字，UID是使用者的帐号ID
-gid n :n 为数字，GID是群组名称的ID

3. 与文件权限及名称有关的参数
-name filename: 搜寻文件名为filename的文件；
-size [+-]SIZE: 搜寻比SIZE还要大 (+)或小 (-) 的文件；
		SIZE 的规格有
			c: 代表 Byte
			k: 代表 1024Bytes
-type TYPE: 搜寻文件的类型为TYPE的文件。

## 举例：寻找文件名包含了passwd的文件（只列出了部分文件）
$ find / -name passwd
/snap/core20/1974/etc/pam.d/passwd
/snap/core20/1974/etc/passwd
/snap/core20/1974/usr/bin/passwd
/snap/core20/1974/usr/share/bash-completion/completions/passwd
/snap/core20/1974/usr/share/doc/passwd

## 格式一般如下
command [1-n] > file或者文件描述符或者设备
# [1-n]: 文件描述符
#	标准输入：standard input(0)
# 标准输出：standard output(1)
# 标准错误：standard error(2)

### 示例
## 不重定向输出（假设当前目录下只存在一个文件exists.txt）
ls exists.txt no-exists.txt
# 因为exists.txt文件存在，而no-exists.txt文件不存在，因此这个命令即具有成功执行的结果（标准输出），又具有出错的结果（标准错误）。由于这个命令没有进行重定向，因此标准输出和标准错误都将打印在屏幕上。

## 重定向输出
ls exists.txt no-exists.txt 1 > success.txt 2 > fail.txt
# 命令执行，屏幕上将不显示任何信息，但是多了两个文件，其中succcess.txt中是执行成功的结果，标准输出重定向的文件，内容为exists.txt，而fail.txt是执行出错的结果，标准错误重定向的结果，内容为ls: no-exists.txt: No such file or directory。

## 只重定向标准输出
ls exists.txt no-exists.txt  > result.txt
#其意义就是将命令执行成功的结果输出到result.txt中，因此屏幕上没有命令执行成功的结果，只有出错的结果。值得注意的是，标准输出的文件描述符1可以省略

## 格式一般如下
command [n] < file或文件描述符或者设备
# [n]: 文件描述符

## 示例
# 这条命令cat命令的输入重定向到input.txt文件，因此该文件的内容作为cat的输入。然后cat命令的输出重定向到output.txt，因此将内容输出到output.txt中。
cat > output.txt  < input.txt

## 管道示例
#cat test.txt会将test.txt的内容作为标准输出，然后利用管道，将其作为grep -n 'test'命令的标准输入。
cat test.txt | grep -n 'test'

## xargs: 处理管道传输过来的stdin，将处理后的数据传递到正确的位置
# 从根目录开始查找所有扩展名为.log的文本文件，并找出包含"ERROR"的行
find / -type f -name "*.log" | xargs grep "ERROR"

## cat和tac的基本用法（很明显，tac就是把cat反过来的一个词）
# 输出文件所有内容（cat：正序；tac：逆序）
用法: cat [OPTION] [FILE]
	 	 tac [OPTION] [FILE]

## 常用参数
-A: 生信工作中很重要的一个参数，可以把文件中所有的内容以符号的形式展示，包括可以把TAB符输出成^I（避免TAB和空格混淆），并在每行结束的位置输出\$
（但是zsh中无法使用-A参数）
# 仅凭肉眼无法看出test文件中tab键和空格的区别，可以使用这个参数

## more和less的基本用法
# 这两个命令均是用来分页显示文本文件内容的命令
# more 只能向下翻页，less可以上下翻页，且可以通过输入/pattern方式查找匹配
用法: more [OPTION] [FILE]
		 less [OPTION] [FILE]

# more的用法
参数:  -n          定义屏幕大小为n行
      -s         合并显示连续空行
操作:  空格键       向下滚动一屏
      q或Ctrl+C   退出more
      回车键       滚动n行，默认1行

# less的用法 (Less is more!)
选项:  -s                  合并显示连续空行
操作:  空格键               向下滚动一页
      q或ZZ               退出less
      回车键               滚动一行
      [pagedown]          向下翻动一页
      [pageup]            向上翻动一页
      /字符串或?字符串      向下或上搜索字符串
      g                   转到第一行
      :n                  转到第n行

## head和tail的基本用法
# 显示普通文件的前后若干行内容命令
用法: head -n [FLIE] (n为数字，意为显示的行数，空行也算一行！)
		 tail -n [FLIE] (n为数字，意为显示的行数)

# 打印文件的第m行
head -m [FILE] | tail -1

# 示例
$ head -3 kyzhu/Notebook/Linux/Lesson3 | tail -1
In any traditional operating system, there are users and groups. They exist solely for access and permissions. When running a process, it will run as the owner of that process whether that is Jane or Bob. File access and ownership is also permission dependent. You wouldn\'t want Jane to see Bob\'s documents and vice versa.

## wc的基本用法
wc  [OPTION]  [FILE]

## 常用参数
默认输出：lines words bytes
-l: --lines	输出行数统计
-w: --words	显示单词计数
-c: --bytes	输出字节数统计（中文3字节，换行1字节）
-m: --chars	输出字符数统计（中文1字符，换行1字符）

## 示例
(base) bioinfo23@node02:~$ wc kyzhu/Notebook/Linux/Lesson3
   9  281 1617 kyzhu/Notebook/Linux/Lesson3
   # 9行 281个单词 1617个字节

#创建源文件file1的硬链接file2
ln file1 file2

# 创建文件Lesson3的硬链接Lesson3_hl1
$ ln kyzhu/Notebook/Linux/Lesson3 kyzhu/Notebook/Linux/Lesson3_hl1
$ ls -l kyzhu/Notebook/Linux
total 12
-rw-rw-r-- 1 bioinfo23 bioinfo23    0 Oct 16 07:34 Lesson1_1
-rw-rw-r-- 2 bioinfo23 bioinfo23 1617 Oct 16 08:36 Lesson3
-rw-rw-r-- 2 bioinfo23 bioinfo23 1617 Oct 16 08:36 Lesson3_hl1
-rw-rw-r-- 1 bioinfo23 bioinfo23   47 Oct 16 08:38 test1
# 可以看到，Lesson3_hl1的字节数和Lesson3是一样的

# 删除原文件，硬链接仍可以访问
$ rm kyzhu/Notebook/Linux/Lesson3
$ head -3 kyzhu/Notebook/Linux/Lesson3_hl1
Linux Lesson 3
1. Users and Groups
In any traditional operating system, there are users and groups. They exist solely for access and permissions. When running a process, it will run as the owner of that process whether that is Jane or Bob. File access and ownership is also permission dependent. You wouldn't want Jane to see Bob's documents and vice versa.

#创建源文件file1的软链接file2
ln -s file1 file2

## du的基本用法（du: desk usage）
# 显示文件使用磁盘空间量，默认输出文件的行数
用法: du [OPTION] [FILE]

## 部分参数简介
-b: 单位为字节bytes

## 举例
du a.txt #显示a.txt占用磁盘的空间信息

## 查看文件Lesson2所占的磁盘空间
$ du Lesson2
4	Lesson2
$ du -b Lesson2
23	Lesson2

## df的基本用法
# 显示文件系统磁盘空间的使用情况
用法: df

## 举例
df #显示磁盘使用情况
df -h #用阅读性较好的方式显示磁盘使用情况

## tar的基本用法
# tar命令的主要功能其实是归档（即打包），可以选择不压缩
用法: tar [OPTION] [FILE]

## 参数介绍（可以分为三个部分）
# 压缩/解压缩选项（仅能同时存在一个）
-c: 压缩
-x: 解压
-t: 查看
# 压缩算法选项（仅能同时存在一个）
-z: 使用gzip算法，一般压缩后文件名为xxx.tar.gz
-Z: 使用compress算法，一般压缩后文件名为xxx.tar.Z
-j: 使用bzip2算法，一般压缩后文件名为xxx.tar.bz2
# 其他常用选项
-f filename: 归档文件名；在f后要立即接文件名！不能再接参数！
						错误：tar -zcfv tfile sfile
						正确：tar -zcvf tfile sfile
-v: 压缩、解压过程打印压缩文件信息
-C dirname: 在制定目录解压缩，否则在当前压缩包的目录

## 举例
tar –tf myusr.tar.gz  #查看myusr.tar.gz包中的内容 
tar -zcvf myusr.tar.gz mydoc #用gzip将mydoc目录打包后压缩成myusr.tar.gz
tar -zxvf myusr.tar.gz #解压
tar -zxvf myusr.tar.gz -C /home/CentOS/a #解压到指定目录/home/CentOS/a